洁净实验室设计时，预先考虑和计算好机械设备占用面积很重要，在设计阶段，要秉持灵活性原则，为未来发展需要做好准备，这样的实验室设计方案更利于进一步的扩张和修改，以及添加新设备和工具。洁净实验室设计要求墙壁管道系统可容纳较多的管道、电力设施。对于高温、高压、高速排气放空噪声,应设计和选用节流降1压小孔喷注放空消声器。

洁净实验室设计要求气闸能帮助小化和防止可能影响工作流程的压力变化。因为洁净室内可能存在大量灰尘、污垢颗粒、有害化学物质和其他污染物等。

翻边应是平的，靠近法兰，不应盖上螺丝孔，四个角应平整，不应有开口，如果法兰上有裂缝或孔，应涂上密封胶，以避免漏气。风管与小零件（接头、短支管等）、三通、四通的接头应严密，间隙应用密封胶密封，防止漏气。当风管的咬合、边缘折叠、铆接损坏时，应进行防腐处理。风管与小零件（接头、短支管等）、三通、四通的接头应严密，间隙应用密封胶密封，防止漏气。静压箱的箱体、箱内过滤器的框架及固定件应进行镀锌、镀镍等防腐处理。完成风管检查后，应按照图中主管和支管的顺序写出连接编号和工程，合理堆放，等待运输离开工厂。

管道通过围护结构时，首先要有良好的固定结构，在使用过程中不得晃动或移位，以保证密封效果。安装定位和密封处理应有机结合。在金属墙板上开的每个孔的周边均应附定位框架，大型风管的加固应防止前后左右移动。管壁与金属墙板之间的缝隙应用胶水或橡胶海绵填塞，然后用密封胶处理。进行精密仪器室设计的同时，也要做好相关配套化学处理室的设计工作，因为这在保护仪器和加强管理上是非常必要的。洁净室的内部装修所用的材料和组件应符合设计要求，不符合要求的外购件应符合质量和标准。金属壁板应符合标准规范要求，并应有质量保证书和性能试验报告，包括防火报告和合格证。